Protege al organismo de sustancias potencialmente nocivas al reconocer y responder a los así llamados antígenos, los cuales son moléculas grandes (usualmente proteínas) que se encuentran en la superficie de las células, virus, hongos o bacterias. Algunas sustancias muertas como toxinas, sustancias químicas, drogas y partículas extrañas (como una astilla) pueden ser antígenos. Las sustancias que contienen estos antígenos son reconocidas y destruidas por el sistema inmunológico, incluso si las propias células corporales contienen proteínas que son antígenos (estos incluyen un grupo de antígenos llamados antígenos HLA). El sistema inmunológico aprende a ver estos antígenos como “normales” y usualmente no reacciona contra ellos.
